沖縄の7,200年～4,400年程前の遺跡から、人が飼育したリュウキュウイノシシではないイノシシ属の骨が出土され、また2,000年程前の遺跡からは、家畜化された豚の骨も出土しています。交易時代（1368年～1644年）からは、たくさんの豚が持ち込まれ、沖縄のシマウヮーは成立してきたと考えられます。
今帰仁アグーは、宮古島市のアラフ遺跡や長墓遺跡から出土した豚に近いことがわかっています。

アグーは品種名ではありません。昔の農家に「品種」という概念がありませんでした。単に「豚（ウヮー）」「牛（ウシ）」「馬（ンマ）」「鶏（トゥイ）」「山羊（ヒージャー）」や、産地、経路などの種類分けがされていました。

（沖縄）アグー豚や今帰仁村にいるアグー豚ではありません

『今帰仁アグー』は、アジア系の豚や猪のグループに入り、（沖縄）アグー豚とはDNAでも別の原種から成立しています。100日～120日程で成豚になり、成長期が短いので脂がつきやすいのが特徴です。猪と同じ背骨の数（19本）で、ハイブリッド豚は本数が多くなっています。
外貌特徴は毛色が黒く、耳の皮が薄く、背は凹み、腹が下垂し、尾が挿し尾（尾が巻かない）、後ろの蹄が地に着くなど、他のアグー豚にないアジア系の在来豚の外貌特徴を多く持っています。

子育てがうまく温和で人に向かってくることはありません。他の豚の子も分け隔てなく育てます。筋繊維が細いため歯切れがよく、脂肪融点が低く、人肌で溶ける特徴があり、脂と張りのある肉で調和がとれた肉質で上品な味が伝わります。雌雄とも成豚で70～100kgほど、西洋種の3分の1程度の大きさです。

アグー豚が西洋の品種との交配種であるため、沖縄県畜産課では2013年にアグーブランド豚の原種豚を在来種と呼ばないと結論をだし、家畜改良協会の証明書から「在来」の文字は消えました。
今帰仁アグーは、琉球在来種の遺伝子をかたくなに守り続けている唯一の豚となったのです。名称は『今帰仁アグー』で商標登録されており、アグー豚とは呼びません。

今帰仁アグーは、沖縄を代表する食と文化の至宝として2006年度農林水産省の「立ち上がる農村漁村」に【在来豚による地域興し】として選定されました。また、2014年度には農林水産省の「ディスカバー農山漁村の宝」に【琉球弧の在来家畜資源を利活用した産業化】として選定、更に同年「Slow Food International」のイタリア本部から、食の世界遺産と言われる「味の方船=アルカ」に認定されています。